Món ăn Nhật Bản không thể thiếu các loại gia vị dùng chế biến tạo nên hương vị riêng. Có thể kể một số gia vị thông dụng trong ẩm thực Nhật Bản như sau:
Dashi
Hỗn hợp bột rong biển trộn với bột cá cơm, được dùng làm bột nêm.
Mirin
Loại rượu nếp, ít chất cồn, vị ngọt, thường dùng để pha vào các loại xốt. Có hai loại Mirin là Hon và Shin. Cả hai loại này đều có nồng độ cồn dưới 1%. Mirin giúp làm tăng hương vị và khiến món ăn có màu sắc đẹp hơn.
Tương đặc Miso
Làm từ đậu nành lên men, là món chủ yếu trong chế biến món ăn Nhật, được coi là protein thực vật.
Giấm gạo
Là loại giấm được làm lên men từ gạo hoặc từ rượu nếp. Giấm gạo có mùi nhẹ và vị chua dịu, hơi ngọt, không màu hoặc hơi vàng.
Rượu gạo Sake
Để nấu làm món ăn hoặc uống riêng, vị ngọt, ít cồn.
Tương ớt
Làm từ ớt đỏ và có vị rất cay do đó cần cẩn thận liều lượng khi dùng.
Gia vị Sansho
Loại gia vị dùng trong các món Nhật hương vị Trung Hoa, rất độc đáo, thường dùng để rắc vào các món thịt.
Wasabi
Làm từ rễ cây cải ngựa, có vị cay nồng, ở dạng bột hoặc sệt. Loại gia vị này có mùi hăng và cay làm át đi mùi tanh của cá sống, màu xanh lá của nó góp phần không nhỏ vào việc trang trí cho món ăn thêm phần đẹp mắt.
Là hỗn hợp gia vị gồm 7 thành phần: rong nori, mè rang (mè đen +mè trắng), ớt đỏ, bột gừng, bột sansho, vỏ cam khô, hạt cây gai dầu. Để rắc vào món cơm, nui, mì, miến, xà lách, trứng…
Nước tương đậu nành (Tamari): gần giống xì dầu của người Hoa nhưng mùi vị nhẹ hơn, làm bằng phương pháp lên men tự nhiên.
Gừng muối
Dùng trang trí các món thịt, cá, cơm, cay dịu, mùi thơm đặc biệt.
Rong biển Nori
Được ép thành miếng mỏng, dùng cho vào súp hay cuốn bên ngoài cơm sushi, cá, tôm… làm tăng tính thẩm mỹ cho món ăn và rất bổ dưỡng.
Muối mè
Trắng hoặc đen được rang chín làm gia vị. Ngày nay cả thế giới đều ưa thích loại muối mè rất đa dạng của Nhật Bản.
Củ cải
Dùng ăn kèm hoặc ngâm giấm, ngâm tương. Có nhiều loại được bày bán dưới dạng chế biến sẵn.
Xốt cà chua Tonkatsu
Loại xốt cay của Nhật, giống như xốt Worcestershire và mù tạc, thường ăn với thịt heo Tonkatsu.